Puo' capitare, lanciando rkhunter, di ricevere warning da PHP come il seguente:
PHP Warning: Function registration failed - duplicate
name - pg_update in Unknown on line 0.

Molto probabilmente avete aggiornato/compilato la versione Apache del PHP ma non quella CLI (ovvero la versione per console).
Su un sistema ubuntu/debian potrebbe bastare il seguente comando:
sudo apt-get install php5-cli